Нужно чуть чуть прояснить.
 

1. Для занесения суммы долга - делаю перевод со счета долга на наличный счет, что бы получить минус в долге и гасить сумму.

Я эту операцию обычно делаю датой получения кредита.
 

2. Начисляю % операцией расхода на счет кредита (статья % за кредит). То есть у меня 2 статьи с папке "Кредиты" - "Основной долг" и "% за кредит"

Я привык начислением называть просто расчет суммы кредитов. А выплата, это уже перевод (передача) денежных средств.
 

3. Погашаю общий долг переводом с наличного счета на счет кредита (% + основной долг)

Не совсем понятно написано, что именно происходит с процентами?
 
Ладно.
 
Я бы рекомендовал (если это сейчас не так) разделить погашение (частичное) суммы основного долга и погашение процентов по долгам. Выплату основного долга следует делать операцией перевода со счета "Наличные" на счет долга. Выплату процентов я рекомендую делать операцией расхода со счета "Наличные". В этом случае в бюджете придется создать две статьи, одну для учета выплаченных процентов, другую - для учета сумм частичного погашения.
 
Существует еще один вариант, как построить учет.
 
В этом случае, если необходимо заплатить, скажем, 1000 рублей частичного погашения суммы долга и еще 500 рублей по процентам, оформляется перевод на сумму в 1500 рублей со счета "Наличные" на счет кредита, и тут же делается операция расхода на сумму процентов (500 рублей для нашего примера) со счета кредита. Таким образом мы получаем, что счет кредита по-прежнему отражает текущую задолженность по кредиту, а в бюджете можно предусмотреть всего одну статью для выплат по кредитам.