1. Как и написал разработчик, организуем папку , я б назвал Соучредители, где счета конкретных людей, видно, кто должен в общий котёл. Можно и на каждого папку в папке организовать. Один счет в папке Вася будет расходный, когда Вася даёт денег фирме на Общий. Второй счёт можно назвать Паи_Васи, где отражаются решения коллектива, например, сброситься поровну. Дельта папки даст возможность оценить кто кому должен.
А расходы с Общего счета уже разносим по статьям учёта, а не по счетам. Вторым может стать классификатор Контрагент в этой операции, например. И отчет по классификаторам Общего счета можно строить и так и эдак.
2. Завести счета Вася_расход и Вася_доход, разделяя направления денег, но, по-моему, так уже есть сейчас. По первому варианту проще соотнести отчетность управленческую с бухгалтерской (сч. 50 касса,  например).