то можно создать две большие группы счетов: группу с расчетными счетами вашего фонда и группу со счетами проектов и контрагентов. Каждое движение отражается в обеих группах соотв. двумя операциями.
Это не лучшее решение, но ведь надо с чего-то начинать?