При создании нового плана счетов счета из предыдущего плана переходят в новый... разными остаются только папки счетов.

Так и должно быть. Различные планы счетов, это просто способ по разному сгруппировать Ваши существующие счета. Каждый счет будет присутствовать во всех планах счетов, однако один счет в разных планах может находиться в разных папках.