А почему бы не сделать "Зарплату", "Подотчёт" и "Другие выплаты" статьями расхода?
 
Тогда в дереве счетов будет просто ветка "Сотрудники" с именными счетами, без повторений. А "тип учёта" будет задаваться статьями (ну или отдельным специальным классификатором, если так удобнее - для него ещё можно будет включить опцию "Использовать в переводах").
 
Остатки по именным счетам тогда будут показывать "общий баланс" каждого сотрудника. А для анализа задолженности по з/п или подотчёта можно будет настроить вкладки с отчётами.
 

P.S. Я очень далёк от бухгалтерии. Так что не пинайте сильно, если сморозил тут.