...то как будет выглядеть бухгалтерская проводка, оформляющая взнос в уставный фонд предприятия наличных денег? Очень просто: Дебет счета "Касса" и Кредит счета "Уставный фонд". Или, если это перевести в термины AbilityCash, перевод со счета "Уставный фонд" на счет "Наличные".
 
Что получим в итоге? Вполне себе правильную картину:
 
1. Положительный остаток по счету "Наличные", отражающий размер взноса. Собственно, тут все совершенно ожидаемо.
 
2. Отрицательный остаток по счету "Уставный фонд". Отрицательный потому, что, как вы правильно сказали, капитал принадлежит собственнику, а не самому предприятию.
 
3. Нулевой остаток по "Всем счетам". Это, типа, означает что "баланс сошелся".
 
Однако, хочу обратить ваше внимание, что AbilityCash писался вполне сознательно как программа, не ориентированная на метод двойной записи. И если вы хотите все-таки использовать двойную запись, может быть имеет смысл посмотреть какую-нибудь другую программу?