Если создать по инструкции http://dervish.ru/fd2/ файл AbilityCash.ini в папке с программой, то настройки всё равно сохраняются в реестре и читаются из него.
== Добавлено ==
Разобрался. Я оставил вторую версию и третью, назвав их соответственно AbilityCash2.exe и AbilityCash3.exe. А инишка видимо ищется по имени экзешника. Создал две инишки AbilityCash2.ini и AbilityCash3.ini - полёт нормальный =)