Можно вести два ключевых поля:
- ID базы;
- ID операции.
 
Таким образом, синхронизация будет происходить по этим полям и по времени изменения/добавления операции. Причем операции удаления не должна физически удалять запись из базы, а просто устанавливать индикатор сторно. И отфильтровывать эти удаленны записи для отображения пользователю.