... может быть, стоит попробовать посмотреть, как сделана синхронизация в распределенных системах контроля версий? Таких, например, как darcs, Bazaar-NG, Monotone, SVK.
 
За тем же darcs, насколько я помню, даже какая-то специальная теория стоит.. Вот: unique algebra of patches - http://darcs.net/DarcsWiki/PatchTheory.
 
А вообще, мне кажется, уникальные идентификаторы + временнЫе метки - и все должно решиться.