Я тоже столкнулся с необходимостью соединения 2-х баз, но так и не экспериментировал, так как это уже не актуально.
Сейчас, когда есть функция импорта, предполагаю что можно сделать вот как: в БД которую нужно будет внести изменения удаленно, можно первоначально все операции удалить, но при этом сохранить структуру счетов и как стартовое сальдо указать то что есть на день разбиения. Далее в чистой базе вносятся новые операции, и когда возникает необходимость соединять 2-х баз, делаем экспорт из второй, и соответственно импорт в первой...
Если получится, поделитесь опытом.