Поскольку я продолжаю считать операцию корректировки остатка вредной, по умолчанию она будет недоступна. Если нужно корректировать остатки, идём в настройки и включаем режим. Там же, в настройках вводим два набора классификаторов, один будет использоваться, если коррекция остатка будет превращаться в операцию расхода, другой - в операцию прихода.
 
А дальше - в меню "Действия" появляется пункт "Урегулировать остаток". Если кликнуть на него, появится диалог, в который будем вводить дату и сумму остатка.
 
В идеале, конечно, было бы в диалоге урегулирования остатков вводить два комплекта классификаторов. Но это существенно сложнее в реализации и будет приводить к гораздо более серьёзным правкам структуры базы данных. Так что я бы этот вопрос по меньшей мере отложил бы.
 
Ну и пока неясно, как это дело отображать в списке. Нужно будет подумать.