Глупый, наверно, вопрос.
А почему бы не пользоваться для хранения данных готовыми субд?
Это убивает сразу огромную кучу зайцев:
- не надо писать свою базу (отлаживать, сопровождать...)
- встроенные в субд средства безопасности
- встроенные в субд средства резервного копирования, защиты от сбоев и т. п.
- практически готовый гейт куда угодно, хоть в тот же excel - написал запрос и понеслась.
- когда вдруг появится решение перейти на другую платформу - это тоже будет сделать легче
наверняка ещё что-то есть.