Для банков нет различий выходной это день или нет. Процент за него все равно будет начислен в том или ином случае. Вопрос может возникнуть только в момент погашения кредита, если срок выпал на выходной он переносится на первый рабочий день, без взимания пени. Но программе об этом знать не обязательно.