Вы писали:
 
Изменение названия классификатора после этого не приводило к переименованию ни закладки, ни заголовков структуры статей расходов/доходов.
 
Дело в том, что у вас есть возможность переименовать как названия закладок (меню "Просмотр", пункт "Страницы"), так и названия корневых элементов деревьев (чего нельзя было сделать в первой версии). Как следствие, при изменении названия классификатора, программа даже не пытается сделать такое переименование.
 
А вообще, я подозреваю, что ваша ситуация может быть типичной, если AbilityCash станет релизом. Именно поэтому я планировал сделать мастер (wizard) для создания новой базы данных. Он будет расспрашивать пользователя о классификаторах и автоматически будет их добавлять.