я в том же порядке вам отвечу:
 
Ошибка. На самом деле ошибкой не является. Посмотрите верхний ряд чекбоксов. Слева - "Приходы", справа - "переводы на счета". И в том и другом случае имеются ввиду операции, увеличивающие остатки по выбранным счетам, по счетам, по которым строится график. Я согласен, что тут проблема есть, но она в том, что названия чекбоксов неудачные. Метки к чекбоксам переводов можно понимать двояко. А как назвать, я, честно говоря, не знаю. Можете предложить другой вариант? С удовольствием рассмотрю предложения. А, может быть, там вообще имеет смысл переделать интерфейс? Я не знаю.
 
Второе. О сохранениях узлов списка. Пока вообще сохранение/восстановление в программе сделано не очень хорошо. Это будет дорабатываться, я постараюсь реализовать один общий для всех контролов подход. Дело будущего.
 
Третье. Об удалении значений классификаторов. Вначале я посчитал, что в таком диалоге нет необходимости, раз реализовано перетаскивание в дереве. И только потом, когда начал сам работать с программой, увидел, что упомянутого вами диалога всё-таки не хватает. Но, к сожалению, я уже переключился на другие вещи в программе. Так что я сам хочу сделать такой диалог, но делать его буду тогда, когда вернусь к работе над закладкой классификаторов.
 
И последнее. О разделителях. Вы правы, это нужно сделать. В планах.
 
Спасибо за ваш интерес к программе!