ответ на ваш вопрос зависит от версии программы, которую вы скачали.
 
В версиях 1.3 и 1.4 Cash в счетах действительно нет поля для начального остатка. Чтобы его прописать, лучше сделать операцию прихода на сумму начального остатка какой-нибудь очень древней датой. Например, 01.01.2000 г.
 
Во второй версии (AbilityCash), которая сейчас проходит отладку, для счетов можно указать начальный остаток. Делается это в момент создания (или редактирования) счёта.