...получается, как говорит Microsoft, "by design". Вот что происходит:
 
Когда вы экспортируете операции, по умолчанию (если вы не погасили галочки настроек экспорта) программа выгружает всё, что есть в базе данных.
 
Но если вы начинаете загружать данные и указываете, что импортировать следует только операции, то программа просто берёт лист Excel-я с операциями и загружает его. При этом информации о классификаторах, что есть на странице операций просто недостаточно. Для работы с классификаторами необходима ещё дополнительная информация о том, что это за классификатор, как он называется, какие его режимы работы. Посмотрите лист Excel-я под названием "Classifiers". Именно этой информации и не хватает.
 
Таким образом, если вы хотите импортировать операции вместе с классификаторами, нужно импортировать не только статьи, но и классификаторы. При этом программа не будет создавать дубликаты записей.
 
Попробуйте, в конце концов всегда можно будет сделать "Отменить импорт".