Мне кажется тут важна не столько техническая, сколько алгоритмическая сторона дела. Я сам, увы, достаточно смутно себе представляю какие средства MS надо применять для синхронизации. Но гораздо более сложным (и интересным) считаю сам алгоритм синхронизации данных. Например в двух базах параллельно ведутся какие-либо изменения, удаления, добавления, а потом все это требуется слить воедино. Как решить, что удалять, а что оставить? Главное решить эту задачу. А уж что с чем синхронизировать - не так важно. В конце концов, можно просто синхронизироваться через файлы.
 
Dervish: Тогда, в самом общем случае, такая синхронизация возможна только в диалоге с пользователем. И, боюсь, что она может оказаться очень неудобной для пользователя. Самое грустное, что я не вижу, как можно сделать её проще.