Действительно, файл практически не жмется архиваторами, да оно и понятно, раз есть шифрование. Но может можно несколько модифицировать процедуру шифрования таким образом, чтобы данные сначала сжимались, потом шифровались, а потом уж записывались? Понятное дело, будет чуть медленнее, но при нынешних процессорах это вроде не проблема.
 
Dervish: Если я изменю формат файла, то с шифрованием нужно будет отдельно разбираться и думать. Возможно, всё совсем придётся переделывать.