Полностью поддерживаю Романа про необходимость поддержки undo.
 
А насчет размера файла и того, что он не сжимается zip-ом, то никто не мешает отключить шифрование файла, в результате чего он очень хорошо сожмется. А поддержку "умного" восстановления лучше оставить опциональной, чтобы пользователь мог сам решить, что ему важнее - размер или содержимое.
 
Dervish: Ох, не хотелось бы мне отключать шифрование...
 
Не совсем понял про "умное" восстановление. Вы имели в виду алгоритмы, которые будут пытаться восстановить испорченную базу? Если да, то этим мне совсем не хотелось бы заниматься: никогда не верил, что можно сделать эффективным такой алгоритм.