С точки зрения использования в "обиходе", т.е. простого хранения данных, API к Registry абсолютно одинаков для указанных ОС.
 
Что вы понимаете под "мобильностью"? Как раз наоборот, когда я переношу программу в другое место, я не хочу тащить ее настройки. А если хочу, то сохраняю ветку регистра и восстанавливаю ее в другом месте. И не надо говорить, что это слишком сложная процедура. FAR даже специальные командные файлы для этого имеет.