На мой взгляд, подобные настройки лучше сохранять в ini-файлах, а еще лучше - в registry - тогда они будут отличаться для разных пользователей. Насколько я вижу, сейчас именно так и делается.
 
Нет смысла помещать это в базу, БД должна содержать *данные*, а не косметические параметры, которые будут меняться от версии к версии. Представьте, я принес базу на другой компьютер с другим разрешеним экрана. С какой стати позиция на экране должна браться с другой машины? Или я в одном месте предпочитаю смотреть график курсов валют, а в другом - остатки?
 
"...поскольку ряд сохраняемых настроек имеют прямое отношение к данным базы" - я считаю, что можно найти способ хранения настроек, связанных с данными, в Registry. Например, валюта в графиках. Связано с данными? Да, несомненно. Но что мешает в registry записать USD (или код валюты), а потом его использовать? Не нашлась в базе указанная валюта - ну и ладно, показываем по умолчанию.
 
Нужно отделять данные от их представления. "Однозначно".