Смотриться это в регистри. Думаю можно просто делать новую копию приложения передавая ему параметром URL. А узнавать о приложении из реестра.
 
Dervish: Я где-то давно видел (в MSDN? - не помню...) пример, как вызывать новое окно при помощи COM-интерфейсов... Можно попробовать поискать, правда, нет уверенности, что это будет работать на других браузерах, не на IE.
 
Ладно, когда займусь этой задачей, посмотрю, что там у меня в реестре творится.