Если задолженность возникает в процессе использования программы, то заводить счёт с отрицательным остатком необязательно или даже нельзя. Это может быть любой счет. Просто переводите с него средства на другой счет. Это правильней.
Если это то, что в бухгалтерии называется "ввод начальных остатков", то да, счет будет с отрицательным остатком.
Ну а "прощенный" долг, как справедливо заметил коллега выше - это ваш доход.