Попробовал выгрузить базу в xml и загрузить в чистую. Результаты странные.
1. Поехала вся структура групп счетов. Группы загрузились как счета и пришлось их создавать заново.
2. 1 счет разошелся по сумме после загрузки со сзначением в исходной базе.
Чтобы найти расхождение выгрузил с обеих баз записи по счету в excel и сравнил 2 таблицы. Результата это не дало так как нашел новую странную ошибку. В excel из новой базы периодически попадаются строки с суммой вида "-517.92989", в старой базе в excel в этой же ячейке "-517.93000". В самой программе  - в обеих базах отображается "-517.93". Какой-то странный глюк.
3. Все настройки отчета "Динамика оборотов" тоже пропали. Если создать новые - отчет работает нормально.
 
Из того что вижу, предполагаю что некорректно работает загрузка/выгрузка в xml/ И, вероятно, в оригинальной базе "сломались" настройки отчета "Динамика оборотов".
 
Возможно как-то в исходной БД удалить настройки отчета "Динамика оборотов"? Может есть какой-то редактор файла с базой?