Качаете https://github.com/dbeaver/dbeaver/releases/ (например)
 
Открываете файл данных программы (это БД SQLite).
SQL Editor -> New SQL script.
Скрипт простой, как мычание:
 

DELETE FROM CurrencyRates;

 
Ctrl+Enter - выполнить. Подтвердить самоубийственную операцию. Можно сделать
 

VACUUM;

 
для освобождения места на диске.