Я перешел окончательно на новую версию 3 недели назад, 11.07. До этого постоянно пробовал и сравнивал 2 и 3 версии между собой.
Среди причин лично моего перехода 3 версию:
1. вертикальная линия "сегодня",
2. возможность сохранения увеличенного размера окна графика отчетов,
3. уже более полутора лет не выявляется критичных ошибок, стабильность версии,
4. быть готовым к выходу авторской мобильной версии.
По бюджетным периодам - попробовал, и для себя решил вести учет по старому, по бюджетным датам.
Во всем остальном в основном идентично 2 версии.
 
Среди недостатков 3 версии (по крайней мере, для меня) - это отсутствие возможности отключить ссылки на странице операций. Постоянно тыкаю случайно в ссылки.