можно поэкспериментировать с вкладкой бюджет.
вероятно нужно будет добавить отдельные классификаторы по контрактам для подробной выборки.
 
вообще и отдельного счета по конкретному заказчику может быть достаточно. отгрузили и нет оплаты - будет видна задолженность.
для отслеживания даты оплаты делать плановые проводки с датой ожидаемого платежа. по мере оплаты эти проводки корректировать. что бы они не затерялись в списке операций можно и отдельный счет для них выделить. все долги в одном месте и все даты видны.