У нас две карты, одна основная и одна дополнительная. В программе открыт один счет для учета операций по этим картам. Движение денег по этому счету совпадает с банковской выпиской. Различаю карты очень просто: для каждой операции проставляются агенты. Еще можно сделать доступным еще одно поле комментария для операции и проставлять номер карты там.