Ну или перед импортом почистить. Проверки на дублирование пока нет, хотя в будущем может быть и появится.
 
Насчет двух баз: AbilityCash работает с файлами данных точно так же, как и Word или Excel. То есть Вы можете сдать два разных файла данных и прекрасно с ними работать по очереди.