Кроме настроек. Вам нужно просто включить в настройках файла данных представление счетов в виде дерева. И Вы увидите, что все папки счетов перенеслись.
 
Чтобы включить иерархическое представление счетов нужно из меню "Файл" выбрать пункт "Настройки файла данных..." и поставить галочку в поле "Представлять счета в виде дерева".
 
Экспорт и импорт не переносит только серии данных, бюджет и настройки файла данных. Все остальное переносится.