Может просто завести еще один идентификатор - для базы в целом? И операции при синхронизации рассматривать уже не только по их ID, а как ID базы + ID операции. Такая идентификация операций будет уникальной в пределах уникальности ID базы.
 
Dervish: Может быть и понадобится. Но не для того, чтобы синхронизировать операции (а надо ли, может быть действительно лучше просто сливать их), а для того, чтобы вести таблицы соответствия нескольких баз данных.