Например, хранить отдельную метку для каждой темы форума, а не одну на весь форум.
 
Да, со временем их число будет увеличиваться. Но на этот случай можно придумать какой-то механизм очистки. Например, при загрузке форума удалять из куков все метки старше 12 месяцев. (и, соответственно, все темы старше 12 месяцев никогда не показывать как непрочитанные)
 
Но проблема у "топик-стартера", как я понял, не в незнании "схемы", а в том, что статус прочитанности изменяется при нажатии Back.
По идее, браузер ведь должен был закэшировать страницу и при нажатии Back - просто показать её "как было". Но то ли кэширование не работает, как должно, то ли функция, выделяющая непрочитанные темы, вызывается в т.ч. и при нажатии Back. А раньше ("до появления Win10 у latan"), судя по всему, этого не происходило.