План счетов, это просто способ представления в виде дерева уже существующих счетов. Несколько планов счетов - несколько способов представления. Выкинуть какой-то счет из учета, это нарушить целостность учета, так что все счета присутствуют во всех планах счетов.
 
Если в каком-то плане счетов есть неактуальные счета, их можно вынести в отдельную папку и держать эту папку все время свернутой.
 
Если планы счетов вообще не пересекаются, возможно, стоит задуматься о создании отдельного файла данных.