Мне кажется, авто-сохранение, если включено, должно работать всегда. Независимо от того, сохраняли базу после изменения настроек или нет.
 
Соответственно, ту самую настройку можно назвать просто "Сохранять настройки страниц автоматически".
Включено - сохраняются сразу при любом изменении, выключено - ничего не сохраняется без нажатия Alt+S.
Всё просто, понятно, интуитивно - и никаких "режимов работы" и "как раньше".
 
Кстати, обработку Alt+S тоже стоит пересмотреть.
Сейчас эта комбинация фиксирует настройки только "в памяти". И чтобы их действительно сохранить, надо потом ещё нажать Ctrl+S и сохранить базу.
Но ведь ничто не мешает сохранять настройки прямо в базу сразу при нажатии Alt+S. Благо SQLite отлично подходит для частичного обновления данных.
Так, мне кажется, было бы гораздо понятнее и удобнее.