Вероятно, дело в описанной мной выше проблеме: http://dervish.ru/forum-theme.2732/#p15988.
Поля "Остатки за" на странице "Операции" и "Показывать остатки по состоянию за:" на странице "Счета" не сохраняют настройку текущей даты. Скорее всего, там стоит дата последнего сохранения настроек страницы, поэтому в дереве счетов и не отражаются правильные остатки. Во всяком случае, у меня программа себя ведёт именно так, приходится каждый раз корректировать дату в этих полях.