В общем да, так и задумывалось, что настройки страницы сохраняются всегда, когда пользователь нажимает "Сохранить". Если открыть файл, поиграться с фильтрами страниц и закрыть файл не сохраняя, то настройки не перепишутся. Единственное, я не проверил, работает ли это при автосохранениии, теперь обязательно это сделаю.
 
В отношении старого механизма сохранения настроек страниц... Ну пусть себе будет, он особо не мешает ведь, верно? Как-то у меня рука не поднимается вырезать его из программы.
 
Резервное копирование. Там есть оборотная сторона медали: либо диск забьется резервными копиями, либо они будут нести минимальные изменения друг относительно друга. Да и вообще, мне пока хотелось бы доделать релиз и пока не хочется отвлекаться на доработки резервного копирования. Кстати, никто не запрещает делать копии сторонними средствами.