... эта проблема является принципиальной: статьи прихода и расхода нужны исключительно для последующего их анализа, который, в свою очередь, является одной из важнейших целей учета. Инструментом анализа в программе являются отчеты.
И получается, что такое решение проблемы сторнирования никак этой задаче не способствует. Другими словами: что разделенное дерево статей, что общее - в рамках имеющегося функционала это без разницы.