Я веду учет просто: отдельный счет, в названии тип вклада, включающий наименование банка.
Операция пополнения - перевод со счета наличных с классификатором "Банковский вклад". Операция повторяющаяся раз в месяц, служит напоминанием.
Ежемесячная капитализация процентов - повторяющаяся операция прихода на счет вклада в день причисления. Сумму рассчитываю каждый месяц заново калькулятором. Классификаторы: Дополнительный доход, Процент по вкладам.