...следующую схему:
 
1. Разделить начисление заработной платы и выплату зарплаты сотрудникам на две отдельные операции.
 
2. Начисление заработной платы выполнять операцией перевода со счета компании на счет физического лица. В этом случае на счете формируется положительный остаток. И если собрать счета физических лиц в отдельную группу (папочку), то сразу будет видно, какая реальная задолженность есть у компании перед всеми сотрудниками и перед каждым из них.
 
3. Выплата заработной платы в этом случае может выполняться в виде операции расхода со счета этого физического лица. Естественным образом уменьшая этот самый положительный остаток. Соответственно, переплаты заработной платы (если вдруг такие окажутся) будут фиксироваться в виде отрицательного остатка и, опять же, естественным образом, будут учтены при следующих расчетах с данным физическим лицом.
 
-------------------------------------------------
 
Если Ваша компания входит с сотрудниками в долговые отношения, привлекает у сотрудников займы, то лучше для учета займов использовать отдельные счета, не учитывать займы на счетах расчетов по заработной плате. И лучше счета займов сгруппировать в отдельной папочке.
 
Кстати, в этом случае погашение займа за счет выплаты заработной платы оформится в виде перевода со счета для учета зарплаты на счет займа.