Но что если у нас есть статьи "Ремонт" например?
Ведь "ремонт" может быть ремонтом квартиры, машины, дачи, лодки и т.д.

Вот у меня с этим как-то совсем нет проблем. Скажем, ремонт автомашины у меня вообще разбит на две подстатьи: автозапчасти и автосервис. Ремонт жилища называется просто "Ремонт". Лодки не имею. Но мог бы назвать "Гидроремонт".
 

В данном случае, как мне кажется, был бы все же удобнее "традиционный" стиль, когда эта статься является под-статьей соответственно "Жилищные расходы", "Авто-расходы" и т.д.

Мне кажется, что ссылка на "традиции" тут не совсем уместна. Если уж совсем хочется чего-нибудь "традиционного", то есть замечательный продукт "1С", там самая-самая традиционная двойная запись реализована.
 
Есть еще один аргумент: ширина экрана. Я веду свой учет на широкоэкранном ноутбуке с диагональю 18,4 дюймов и мне не всегда хватает ширины. А теперь давайте сравним, что займет больше места: "Жилищные расходы : Ремонт" или "Ремонт квартиры"? Ответ, мне кажется, очевиден.
 
Опять же, я не вижу особых проблем в том, чтобы назвать правильно подстатьи, чтобы они не путались и не пересекались.
 

И разве в прошлых версиях статьи не отображались именно как я предлагаю? Мне кажется примерно так и было раньше, нет?

Нет. Всегда отображалось именно так как сейчас.
 

Сейчас, как я понимаю, можно выбрать только какую-то одну статью для отчета, правильно?

Простите, я не совсем понял этот вопрос. На самом деле, фраза "выбрать статью" может нести разную смысловую нагрузку и я не уверен, что именно Вы имели в виду.
 
Я подозреваю, что Вы ведете речь о том, чтобы в выборках можно было указать галочками (чек-боксами), по каким именно статьям выбирать информацию. Если так, то я предлагаю обратить внимание на то, что AbilityCash не имеет ограничений на глубину вложенности дерева. Программа позволяет получить выборку по нескольким статьям одновременно, если эти статьи имеют общего родителя. Этот механизм, вкупе с возможностью вводить дополнительные классификаторы, должен обеспечить все мыслимые необходимости по выборке данных. Если есть примеры, доказывающие, что это не так, я готов рассмотреть и обсудить.