Вышла новая версия - 3.7.17 - в которой добавили возможность работы с базой через memory-mapped I/O.
Пишут, что это ускоряет скорость работы почти в два раза и снижает потребление памяти. Правда, не без ложки дёгтя.
Подробнее здесь - http://sqlite.org/mmap.html