Всё равно в текущем виде оно, по сути, ничего не шифрует, а просто запрещает открыть файл при несовпадении пароля. (если я правильно помню)
 
Подозреваю, что у "многочисленных пакетов для шифрования баз данных SQLite" тоже хватает своих недостатков (снижение скорости, отсутствие поддержки/развития, никаких шансов на восстановление информации и т.д.)
 
Может, пусть шифрование, если кому нужно, делается специализированными средствами?
Тут вариантов уйма - под любой сценарий использования найдётся. От пофайлового, вроде AxCrypt, до шифрования всего диска в TrueCrypt.
 
P.S. Кстати, обратите внимание на этот AxCrypt - http://www.axantum.com/axcrypt/ - бесплатный, open source, не требует никакой настройки, полностью интегрируется в Windows - двойной клик по зашифрованному файлу расшифровывает его, запускает соответствующую программу, а после завершения работы с ним зашифровывает новую версию файла обратно.
И много других интересных возможностей - от сжатия файла перед шифрованием до широкого набора опций ком. строки для интегрирования во всяческие скрипты.