Фильтры - это все окошка сверху во вкладке "Операции":
- период
- счёт
- статья
- контрагент
   и другие
 
Просто, вы, совершаете операцию с инымы условиями, нежели у вас выставлены.  Например, открыт счёт "Наличные", а операцию совершаете по банковскому счёту, или дата операции не входит в период который выставлен в окне "За период".
Это не проблема, спокойно жмите "ДА". Операция добавится в Базу данных, но появится в списке лишь когда вы измените фильтры отображения