Когда вы удаляете операции, на самом деле они не вычеркиваются из файла данных. Они просто помечаются как удаленные. Соответственно, (существенного) изменения размера файла не происходит.
 
Если же нужно действительно избавиться от таких (помеченных удаленными) записей, то нужно просто сохранить файл под новым названием (меню "Файл", пункт "Сохранить как..."). При таком сохранении в файл будут записаны только актуальные данные.