Свои плюсы и минусы есть у каждого решения.
 
Всплывающее окно используется во многих программах, но если делать так, то это будет первое немодальное (то есть разрешающее продолжать работу с главным окном) всплывающее окно в программе. Я старательно пытался избежать появления таких окон и мне не хотелось бы нарушать эту традицию.
 
Отдельный фильтр по комментарию тоже может рассматриваться как вариант, однако и он не лишен недостатков: если мы начинаем фильтровать по комментарию, то часть операций просто не показываются. Я бы предпочел видеть те операции, которые предшествуют или следуют за искомой.
 
Вообще, неплохое решение фильтров есть в программах для Макинтошей: там поле поиска встраивается в статусную строку. Ну и, как я понимаю, хоткеи F3 и Shift+F3 тоже не запрещены.