...у меня все работает.
 
1. Проверьте версию программы. Возможность хранить настройки в ini-файле существовала не всегда. В текущей 232-й сборке эта возможность есть и точно работает.
 
2. Сохранять новый файл данных (.cash) нет никакого смысла. На хранение настроек программы это не оказывает никакого влияния.
 
3. Программа при запуске всегда проверяет наличие AbilityCash.ini в своей папке. Вне зависимости от того, есть что-то в реестре или нет. Поэтому и особого смысла чистить реестр тоже нет.
 
А вот как именно вы запускали AbilityCash? Двойным кликом по самой программе или по файлу данных? Если по файлу данных, то запущена будет не тот экземпляр программы, который вы имели в виду, а тот, который был установлен на компьютер. Он увидит, что в папке "C:\Program files\AbilityCash" нет ini-файла и, конечно же, сохранит настройки в реестре.