... добавить к названию счёта какой-нибудь признак, указывающий из какой папки этот счёт, - в начало или в конец. Например, Дт-Компания А (или Компания А-Дт), Кт-Компания А (или Компания А-Кт).
Для остальных групп, куда входит эта Компания А можно придумать свои обозначения.
У меня сделано именно так. С одной стороны, названия счетов получаются длинными, не всегда их видно до конца. Это неудобство. Но зато оно, на мой взгляд, с лихвой компенсируется возможностью сделать ещё один план счетов, где можно сгруппировать все счета в папках по компаниям. И тогда, переключаясь с одного плана счетов на другой, можно сразу видеть общую сумму, например, дебиторской задолженности по всем компаниям, а можно - состояние расчётов с конкретной Компанией А - мы ей должны или она нам, как там обстоит дело с поставками и т.д.
Кстати, я бы при таком учёте использовала для обозначения счетов (или папок) нумерацию настоящего бухгалтерского Плана счетов. А что означает, например, счёт 70 или счёт 68.1, писала бы в примечании.