... в одной из версий сохранение было переделано, чтобы избежать распухания базы.
 
Грубо говоря, раньше новые данные просто дописывались в конец файла (оставляя предыдущую редакцию операции где-то внутри с пометкой "удалено"), а сейчас вся база пересохраняется целиком.
Потому, видимо, сохранение стало работать дольше и стало "более заметным".