Дело в том, что сколько бы планов счетов вы ни создавали, при работе с конкретной операцией выбор счёта можно сделать только из первого плана счетов.
Если иметь немного счетов, то ваш вариант вполне приемлем (допустим, все деньги только в наличных). У меня тоже так было, когда только начинала пользоваться программой. Но в том-то и польза от её применения, что со временем начинает меняться и принцип учёта, и принцип расходования, и принцип сбережения. Начинает меняться собственное финансовое поведение и, не побоюсь этого слова, собственная жизнь. А жизнь в несколько простых счетов "где-нибудь ближе к корневой папке" не укладывается.
 
Кстати, где-то здесь, на формуме или в доработках, звучала просьба сделать возможность сохранения настроек столбцов в открывающемся плане счетов в окне операций. Я очень хорошо понимаю этого пользователя - сама сейчас при добавлении каждой операции вынуждена каждый раз сначала раздвигать выпадающий список счетов, потом раздвигать столбец с названием счета и только потом выбирать нужный счёт.
Так что, я думаю, проблема в интерфейсе "длинных" названий счетов или примечаний всё-таки существует.